雙孢菇菇體白度有內在原因和外在原因兩個因素，這兩個因素可以獨立引起菇體不白的問題，也會共同起作用導致菇體不白的問題。
首先，從內在因素說起。內在因素問題導致的是整個菇體從內到外都不白，整個菇體顏色偏暗或者奶黃色或者粉紅色。當然，很多外在因素也會導致菇體內部不白，比如蒸騰不足也會導致菇體發暗。內在因素會影響菇體白度主要有幾個方面:
培養料:
培養料的含氮量，含氮量越高的培養料，菇體就越可能比較白，目前是什么機制導致的還不清楚。
發酵腐熟適度的培養料，菇體白度也較好，這是因為它可以快速充足的給菇體提供全面的營養物質。
培養料的含水量也嚴重影響菇體的白度，經過長期的對照，培養料含水量降低到55％以下的時候就會造成菇體白度下降，究其原因應該是培養料水分不足的時候導致菌絲在吸收培養料的營養時候，滲透壓不足導致無法快速提供養分，同時菌絲體含水量低，送輸營養物質的能力也下降，這個問題經常導致菇柄紅根問題，還有菇體偏粉紅色。
原料方面
目前遇到的導致菇體顏色白度不足的培養料有：豬糞，棉渣和廢棉，藥渣，棉籽粕。具體為什么這些原料會引起菇體白度不足，目前為止沒有看到有關文獻介紹。但是這些原料有時候減少投入比例會讓菇體白度接近正常的白度。
覆土材料
有時候某些地區用的覆土材料含鐵鎂元素過高也會導致菇體偏紅。
料溫
為什么把料溫歸為內在因素，因為在菌絲和覆土期間，如果料溫長時間(48小時以上)超過30℃左右，超過溫度越多時間越長，那么以后出來的蘑菇菇體就越會偏紅且容易紅根。
外在因素導致菇體白度不足有時候只是在菇蓋表面上，但是有的因素也會導致菇體內外偏暗，比如空間高濕度，采下來一段時間后菇體內外逐漸變紅發暗。外在因素主要有:
空間溫度
空間溫度不恒定，短時間變化過大，會導致菇體表面發黃，產生龜紋
空間濕度
空間濕度不恒定，短時間變化過大，也會導致菇體表面發黃，產生龜紋。
而空間濕度一直在93％以上的時候，經常會導致菇體蒸騰作用不足，菇蓋發粘，采下來的菇就很容易因為手指印而發紅也容易碰傷發紅。而且菇放進冷庫的第三天就開始顏色發暗。
風速
當風速和濕度不匹配的時候，菇體表面容易起鱗片，而且菇體顏色容易偏黃。
當然，風速也不能過低，不然在梅雨季很容易導致菇體蒸騰不足而導致細菌性斑點病泛濫！
水
噴施用的水不能含有有害物質，有的地方的地下水會導致菇體偏暗。而噴水時添加過量的石灰粉或者漂白粉會導致菇蓋灼傷而開裂，
而覆土層打水過多也經常造成菇體顏色發青發暗，這個時候切斷菇柄后可以看到斷面有水漬，這樣的菇煮鹽水菇或者烘干后顏色都偏暗，進冷庫保鮮幾天后菇體也迅速發暗。
農藥
很多有機磷農藥會導致菇體變色，目前已知的有敵敵畏。而且現在有機磷農藥在食用菌上已經禁用了，大家一定不要濫用！
上面提到外在因素的溫度濕度風速都是和空調有很大關系的，所以越好的空調菇的品相越高。而菇房的保溫性能對溫濕度的恒定起重要作用，所以一定要做好菇房的保溫，不單單是為了節省電費同時也是為了保證菇的質量。具體原理是菇房保溫不好導致空調長時間制熱或者制冷，那么很容易導致菇房的濕度劇烈變化，同時也導致菇床表面的小氣候環境變化過份激烈，從而干濕交替過快導致菇體表面龜紋發黃。
最近幾年雙孢菇市場競爭激烈，建議種植戶們一定要從各方面著手，保證蘑菇質量，才能在市場競爭中立于不敗之地！
